Bệnh truyền qua thực phẩm thường do nhiễm trùng hay do độc tố tự nhiên và bị gây nên bởi vi khuẩn, vi rút, ký sinh trùng hay chất hoá học xâm nhập vào cơ thể qua đường ăn uống.a. Vi khuẩn:
Samonella, Campylobacter, Enterohaemorrhagic Escherichia coli là những tác nhân gây bệnh truyền qua thực phẩm thường gặp nhất và gây hại cho hàng triệu người mỗi năm – đôi khi có những ca bệnh rất nguy hiểm và tử vong. Các triệu chứng hay gặp là sốt, đau đầu, buồn nôn, nôn ói, đau bụng và tiêu chảy. Những thực phẩm nhiễm Salmonella thường thấy là trứng, thịt gia cầm, và các sản phẩm khác từ nguồn động vật. Bệnh truyền qua thực phẩm gây nên bởi Campylobacter thường do sữa tươi, thịt gia cầm tươi hay không được nấu chín và nước uống. Enterohaemorrhagic Escherichia coli thường có trong sữa chưa tiệt trùng, thịt chưa nấu chín và rau quả tươi.
Phơi nhiễm Listeria gây sảy thai ở bà bầu hay đột tử ở em bé sơ sinh. Tình trạng xảy ra bệnh thì khá thấp, tuy nhiên Listeria khá nguy hiểm và đôi khi gây chết người, nhất là ở trẻ sơ sinh, trẻ nhỏ và người già, nó thuộc nhóm gây bệnh truyền qua thực phẩm đáng sợ nhất. Listeria thường có trong các sản phẩm từ sữa chưa tiệt trùng và các thức ăn nhanh khác và sinh sôi ở nhiệt độ lạnh.
Vibrio cholerae xâm nhập vào cơ thể qua nguồn nước và thực phẩm bị ô nhiễm. Các triệu chứng thường gặp là đau bụng, buồn nôn và đi ngoài phân lỏng toàn nước, gây mất nước và có thể tử vong. Gạo, rau, cháo kê và các loại hải sản là những loại tiềm ẩn ổ bệnh cholerae. Để điều trị các chứng bệnh gây ra bởi vi khuẩn thì cần phải dùng kháng sinh. Tuy nhiên, việc sử dụng quá liều hay không đúng liều trong thú y và chữa bệnh ở người sẽ gây nên tình trạng vi khuẩn kháng kháng sinh, giảm hiệu quả trị bệnh cho người và động vật. Vi khuẩn kháng kháng sinh nhiễm vào thực phẩm thông qua động vật (như Samonella qua gà). Kháng kháng sinh là một trong những mối đe dọa đối với nền y học hiện đại. b. Ký sinh trùng:
Một số loài ký sinh trùng, như sán lá ký sinh trên cá, chỉ lây truyền qua thực phẩm. Một số khác, như Echinococcus spp, có thể lây nhiễm cho người qua thức ăn hay trực tiếp từ động vật. Các loài khác, như Ascaris, Cryptosporidium, Entamoeba histolytica hay Giardia, xâm nhập vào thức ăn qua đường nước hay chất bẩn và có thể gây ô nhiễm cho sản phẩm tươi. c. Prion:
Prion, tác nhân gây ô nhiễm với thành phần là protein, thật kỳ lạ rằng chúng liên quan đặc biệt đến bệnh thoái hoá thần kinh. Bệnh bò điên (BSE) là 1 bệnh do prion gây ra ở gia súc. Tiêu thụ các sản phẩm từ bò điên là con đường nhanh nhất lây truyền prion sang người. d. Chất hóa học:
Liên quan nhiều nhất đến sức khỏe con người là các độc tố tự nhiên và chất độc môi trường:
Độc tố tự nhiên bao gồm mycotoxin, độc tố từ sinh vật biển, cyanogenic glycoside và độc tố có trong nấm độc. Các loại thực phẩm hay ăn như ngô, ngũ cốc có thể chứa hàm lượng mycotoxin cao, như aflatoxin và ochratoxin. Phơi nhiễm độc tố trong thời gian dài có thể ảnh hưởng đến hệ thống miễn dịch và sự phát triển bình thường, hay gây bệnh ung thư.
Chất ô nhiễm hữu cơ bền (POPs) là những hợp chất được tích lũy trong môi trường hay cơ thể người. Như chúng ta đã biết các hợp chất như dioxin và polychlorinated biphenyls (PCBs), là các sản phẩm trung gian không mong muốn của sản xuất công nghiệp và xử lý chất thải. Chúng được tìm thấy khắp nơi trong môi trường và được tích lũy trong thực phẩm có nguồn gốc động vật. Dioxin có độc tính cao và có thể gây ra các vấn đề liên quan đến quá trình sinh trưởng và phát triển, gây tổn hại đến hệ thống miễn dịch, tấn công các hocmon và gây ra bệnh ung thư.
Kim loại nặng như chì, cadimi và thủy ngân có thể gây tổn thương thần kinh và thận. Sự ô nhiễm kim loại nặng vào thực phẩm xảy ra chủ yếu bởi sự ô nhiễm không khí, nước và đất.